廉租房短缺的症结表面上是资金投入不足的问题，而其实质则是廉租房政策在地方的制度缺失和持续多年的供给不足。资料显示，截至去年年底，廉租房建设投资不足商品房投资的2%，去年全年投入的低收入家庭住房保障资金不足20亿元。而来自民政部的数据显示，2005年城镇低保人数稳定在2200万左右。这是一个不可忽视的群体。然而，就住房而言，被纳入廉租住房保障范围的只有32.9万户。
何以如此？据业内专家分析，在许多地方，房地产税费收入是地方政府财政收入的重要部分。而建设廉租房，地方政府不但得不到收益，反而要拿出土地，投入大量资金，使用大量人力、物力，地方政府相关部门因此缺少积极性。说白了，地方政府就是怕廉租房建设影响其自身的经济利益。
首先，土地出让金被称作地方“第二财政”，据报道，中国东部地区的一线城市目前基建资金的40%至60%来自土地出让金。如果认真落实廉租房制度，廉租房的供应将拉低房价。据有关专家估计，廉租房与房价呈反比关系，廉租房的供给每增加5%，就会迫使房价下降3%至4%。韩国政府面对飞涨的房价，加大廉租房供应后，房价应声而落，就是一个明显的例子。而房价下跌，土地出让金也会跟着降低，这将直接减少地方政府的“第二财政”收入。
其次，与房地产有关的产业，是推动地方GDP增长的最强劲的力量，倘若廉租房拉低房价，必然影响GDP的增长速度，在现有的干部政绩考核机制下，那些认真执行廉租房政策的官员，政绩可能反而会受到影响。因而，地方政府建设廉租房的动力不足。加之现在并没有严格的评估和奖励、惩戒机制，不落实廉租房政策的地方得不到任何处罚，廉租房政策被悬空也是必然的。
廉租房比经济适用房更能有效地解决低收入者的住房问题，因为，经济适用房富人可以钻空子，抢到购房的机会。但是，廉租房富人却不容易也没有兴趣介入。廉租房天然的抗投机性决定着，廉租房在房市调控中能够发挥重要作用。专家认为，既然廉租房既能解决低收入者的租房问题，又能调控房价，国家应该构建严厉的惩戒措施，对地方政府执行廉租房政策的效果进行评估和奖惩，以使廉租房政策真正落到实处。
去年5月，“九部委十五条意见”中规定，尚未建立廉租住房制度的城市，必须在2006年年底前建立，并合理确定和公布今明两年廉租房的建设规模。到去年12月初，建设部透露，全国仍有五个省(区、市)没有建立廉租住房制度目标责任制，19个地级以上城市没有建立廉租住房制度。今年春节前，建设部的通报说，仍有145个地级和县级城市尚未建立廉租住房制度。
今年“两会”期间，建设部长汪光焘在接受记者采访时，再次强调尚未建立廉租住房制度的市、县，要在2007年年底前建立，否则“要追究当地政府的责任”。
